Helsinski Vətəndaş Assambleyasının Zaqafqaz şöbələrinin yaranması fikri 1992 –ci ilin martında Bratislavada HVA-nın Assambleyası zamanı olmuşdur. Elə bu ildə də HVA –nın milli komitələri Azərbaycanda, Dağlıq Qarabağ da əlavə edilməklə, Gürcüstanda, Ermənistanda yarandı. 1992-ci ilin avqustunda, müharibənin qızğın dövründəsülh karavanı təşkil olundu. Karavan birgünlük səfərlə Tbilisidən Cənubi Osetiyaya, Bakıya gedir. Bakıdan bir neçə nəfər Dağlıq Qarabağa, Yerevana və Tbilisiyə dönür. Arzu Abdullayevanın ( Azərbaycan HVA sədri) Yerevana getməsi həmin dövr üçün böyük hənər idi. Sülh karavanın Azərbaycandan Ermənistana keçməsi üçün Qazax-İcevan səhəsində atəşin kəsilməsi barədə razılıq əldə edilmişdi. Bundan sonra qadın və gənclərin v əhətta təhlükəsizlik qüvvələrinin görüşmasi üçün «Sülh dəhlizi» təşkil oundu.

HVA-nın qrupları arasındakı əməkdaşlıq insanların bir yerdə işləyib, beş yüzdən artıq əsir və girov götürülmüşlərin qazax-İcevan «Sülh dəhlizindən» azad olması, itgin düşmüşlərin axtarılması üçün şərait yaratdı. Bu fəaliyyətlərinə görə Arzu Abdullayeva və Anahit Bayandur (Ermənistan HVA sədri) Ulof Palme adına 1992 –ci il mükafatı ilə təltif olunmaları HVA –nın yerli fəallığını iki il maliliyyəşdirilməsinə kömək etdi.

Ötən illərdə bu qruplar fəaliyyətlərini öz ölkələrinin problemlərinə həsr etmişlər. Azərbaycanda HVA-nın fəaliyyətini Avropa ölkələrinin və ABŞ-ın səfirlikləri qiymətləndirərək, 1998-ci ildə Arzu Abdullayevanı «Vətəndaş cəmiyyəti uğrunda» Marşal mükafatına layiq görülmüşdür. HVA əsir düşənlərin və girov götürülmüşlərin azad olmaları istiqamətində aparılan işləri davam edərək, 1998- ci ilin mart ayında iki əsirin azad olmasına nail olmuşdur. Bunlardan biri ölümə məhkum olunmuş yaralı əsir idi. HVA –nın milli qrupları qaçqın və köçkünlərin problemləri ilə, xüsusilə Azərbaycanda və Gürcüstanda məşğul olaraq, onların hər birinə fərdi köməklik göstərmiş, onlarla müzakirələr təşkil etmiş, HVA-nın strukturlarına cəlb etmişlər.

Ötən illərdə gənclər və uşaqlarla aparılan işlərə üstünlük verilmişdir. HVA tələbələr və Qeyri-Hökumət Təşkilatları (QHT) üçün yay və qış məktəblərinin təşkili üçün təşəbbüslə çıxış ektmişdir. Bu məktəblərin yetirmələrəi Zaqafqaz Gənclər şəbəkəsini yaratmışlar. Bu səhədə ilk layihələrdən biri rus və ingilis dilində nəşr edilən gənclər üçün «Kollaj» jurnal olmuşdur.

Məcburi köçkün düşmüşlərin uşaqları üçün Azərbaycan və Gürcü dilində jurnal nəşr edilir. Jurnalın nəşrində məqsəd uşaqları mövcud vəziyyəti başa düşərək tolerant olmağa, vətəndaş azadlığını anlamağa çağırır.

HVA Qafqazın bütün ölkələrində olan müharibə nəticəsində öldürülmüşt əsgərlərin dul qadınları və uşaqları üçün yay düşərgələri təşkil etmişdir.

HVA-nın Zaqafqazda Milli Komitələri mərkəzdən kənarda regionlarda da şöbələrini açmışlar. HVA –nın qrupları Azərbaycanda Qazaxda, Gəncədə, etnik azlıqların yaşadıqları Qusarda mövcuddur. Gürcüstanda Telavidə, Ermənistanda Vanadzorda, Çarensavenda fəaliyyət göstərir.

Cənubi Qafqaz HVA qrupları minalardan təmizləmə problemləri ilə də məşğul olaraq beynəlxalq minalardan təmizləmə kampaniyasına qoşulmuşdur. Bu fəaliyyət dövlətlərin Ottava Konvensiyasına qoşulmasına müsbət təsir edir.